Los recientes hallazgos científicos, en especial el descubrimiento de las arqueobacterias, ha obligado a redibujar el árbol evolutivo. En la actualidad quedaría estructurado en 3 grandes grupos: eubacterias, arqueobacterias y eucariotas. Estos últimos, a su vez, quedarían organizados en seis categorías:
- Opistokonta (animales, hongos,...)
- Amoebozoa
- Excavata
- Rhizaria
- Archaeplástica (plantas, musgos, helechos,...)
- Chromalveolata