A José Celestino Mutis se le han dedicado numerosos taxones, principalmente especies vegetales, algunos ejemplos:

Aegiphila mutisi, una especie de Verbenaceae.

Acalypha (Linostachys) mutisii, una especie de euforbia de Colombia.

Aetanthus mutisii, una especie de arbusto de la familia Loranthaceae.

Mutisia, un género introducido por el hijo de Linneo en su honor, ampliando el significado que le dieron los alumnos de Mutis.

Mutis recibió todos estos taxones y honores debido a su dedicación y sus aportes.