En 1863, Felipe de Ariño y Ramón Inclán publicaron el hallazgo de restos humanos prehistóricos en Cueva Ciega. Ariño envió un informe a la Reina Isabel II llamando la atención sobre la importancia arqueológica de la Cueva de Atapuerca , que será el germen, en 1868, de la publicación monográfica Descripción con planos de la Cueva llamada de Atapuerca, de Pedro Sampayo y Mariano Zuaznávar. Tras sus pasos llegarían Henri Breuil y Hugo Obermaier, acompañados del padre Saturio, que publicaron nuevas pinturas rupestres, tanto en Cueva Mayor como en la Cueva del Silo. En 1963, junto con Basilio Osaba, localizarán el primer bifaz achelense, lo que motivará las excavaciones de Francisco Jordá entre 1964 y 1966, tanto en Trinchera como en el Portalón de Cueva Mayor.

La aparición de los primeros fósiles humanos en TG y en SH dio paso al proyecto multidisciplinar de investigaciones de Emiliano Aguirre, cuya primera campaña se desarrolló en 1978, hace exactamente 40 años. Aguirre planteó un ambicioso proyecto basado en el conocimiento adecuado de todo el contexto sedimentario para facilitar la adscripción cronológica de los futuros hallazgos, sentando las bases de un equipo interdisciplinar. En 1991, tras la jubilación de Aguirre, pasarán a dirigir el proyecto Eudald Carbonell, Juan Luis Arsuaga y José M Bermúdez de Castro.