Cueva Fantasma es el yacimiento con mayor superficie de excavación de la sierra de Atapuerca. Era conocido desde hace décadas, al haber aflorado a mediados del siglo XX en los trabajos de una de las canteras de piedra caliza, pero los escombros generados por la misma impedían reconocer su potencialidad. Entre 2003 y 2005, dentro de la tesis doctoral de Ana Isabel Ortega, miembro del Equipo de Investigación de Atapuerca (EIA), se efectuaron los primeros trabajos de prospección geofísica que ya indicaban que el conducto tenía potencial por debajo de la escombrera. En 2015, nuevas prospecciones geofísicas, confirmadas por una perforación con recuperación de testigo, mostraban una secuencia superior a 11 metros con registros arqueo-paleontológicos. En 2016 se inició la limpieza de la escombrera que dejaba al descubierto un enorme conducto repleto de restos de fauna, industria lítica y un fragmento de cráneo humano, que podría corresponder a un neandertal. En 2017 se acabó de retirar la escombrera y se gestionó la propuesta de cubierta de protección del yacimiento por parte de la Junta de Castilla y León, iniciando en 2018 la excavación de forma paralela a la instalación de su techado de protección. De esta manera, el yacimiento de Cueva Fantasma ya tiene su techado.

Se ha identificado un importante número de restos fósiles de herbívoros, principalmente restos de équidos, bóvidos y cérvidos, así como abundantes coprolitos de hienas y otros pequeños carnívoros, pero también evidencias de presencia humana, con industrias líticas y bifaces y raederas que pueden relacionarse con fases del Achelense y del Paleolítico medio, explica Ana Isabel Ortega, responsable, junto a Josep Valverdú, miembro también del EIA, del yacimiento y del control arqueológico de la cubierta de protección. Se trata de un yacimiento excepcional por sus dimensiones y su potencial, que va a aportar importante información sobre la complejidad de las sociedades de cazadores y recolectores, ya que conserva secuencia del Pleistoceno superior que no está presente en los yacimientos de la Trinchera del Ferrocarril.

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