El I.E.S. Pedro Duque es un centro público que imparte sus enseñanzas en régimen de coeducación, con los derechos y deberes que la legislación vigente señala para los institutos de educación secundaria.

Al ser un centro público es aconfesional en lo que se refiere a creencias religiosas, y plural en cuanto a opciones políticas e ideológicas. Ninguna doctrina puede obligar a los profesores, quienes deberán abstenerse de todo tipo de proselitismo y respetar la libertad de conciencia de los alumnos y de los demás miembros de la comunidad educativa.

Por ello, el I.E.S. Pedro Duque defiende la tolerancia como principio rector de la vida del centro, en el que tienen cabida distintas opiniones e ideas que deben convivir y plantearse desde el respeto mutuo.