Después del duro invierno, de la insurrección de algunos capitanes y de la pérdida de la nave Santiago en el estuario del río Santa Cruz donde solo un tripulante falleció, la alegría de encontrar por fin el paso al Mar de la Tranquilidad (actual Océano Pacífico), se vio ensombrecida por la deserción de la San Antonio, cuya tripulación decidió el regreso a España.
Sólo 3 naves continúan la singladura de este mar interminable y llegan hasta la isla de Guam (Islas Marianas) que ellos llamaron isla de los Ladrones, con una tripulación azotada por el escorbuto y la hambruna. Tras una breve parada para recuperarse continuaron hasta tener el primer contacto europeo con las islas Filipinas que fueron nombradas por Magallanes “islas de San Lázaro”.