La EBO es una etapa que agrupa alumnos entre los 6 y los 16 años, con una o dos prórrogas, en función de si han tenido prórroga en infantil o no. La mayoría de los alumnos la cursa hasta los 18 años. Es la más larga y numerosa del centro y en este momento se divide en seis ciclos que abarcan aproximadamente 3 años de edad cada uno, aunque este criterio no es cerrado. En general se puede decir que es la etapa de adquirir y afianzar aprendizajes significativos para cada uno, según sus potencialidades, y desarrollar sus posibilidades comunicativas y adaptativas.
Como la Etapa Infantil, a lo largo del día, se realizan distintas rutinas y actividades, tanto en las propias aulas como en otros espacios comunes del centro. También se realizan numerosas actividades fuera del centro.

Las tutoras tienen un grupo de referencia con el que permanecen la mayor parte de la jornada escolar. Pero también se puede establecer un sistema de rotación, por el cual las profesoras de cada ciclo trabajan en otros grupos especializándose por áreas o en un aula taller concreto. Para ello se respetan los grupos o se flexibilizan para hacerlos más acordes a una actividad concreta.

En los últimos cursos se ha notado un incremento de alumnos a partir de los 12, 13 años. Son alumnos que permanecen en el programa de integración en los centros de primaria y con el paso a la ESO, se decide que, en lugar de continuar en el programa de integración de los institutos, se cambia la modalidad educativa y vienen a nuestro centro. En estos últimos cursos, algunos de estos alumnos se derivan a programas de Formación Profesional Básica en otros centros.