El CEPA Vista Alegre cuenta con tres departamentos didácticos además del departamento de orientación:
El departamento Científico-Tecnológico es el encargado de impartir el ámbito del mismo nombre tanto en Secundaria como en Enseñanzas Iniciales II. El currículo del ámbito científico-tecnológico se ha realizado desarrollando los aspectos básicos de los currículos de las materias que lo conforman: Matemáticas, Ciencias de la Naturaleza y Tecnologías.
También pertenece al departamento Científico-Tecnológico las asignaturas de Matemáticas y de Economía del Curso de Preparación para la Prueba de Acceso a CFGS y el módulo de Ciencias Aplicadas de Formación profesional básica.
También pertenece a este departamento el módulo de Comunicación y Sociedad de Formación profesional básica.
El departamento de Comunicación imparte las materias de Lengua y literatura e Inglés en Secundaria, Iniciales II y en el curso de preparación para la prueba de ACFGS. Español para Inmigrantes pertenece también al Departamento de Comunicación.
El departamento social es el encargado de impartir el Ámbito Social en Secundaria e Iniciales II. El currículo del ámbito social se ha realizado desarrollando los contenidos de los currículos de ciencias sociales, geografía e historia y los aspectos de percepción recogidos en los currículos de educación plástica y visual y música.
También pertenece a este departamento la asignatura de Geografía del Curso de Preparación para la Prueba de Acceso a CFGS, el módulo de Comunicación y Sociedad de Formación profesional básica y el Curso de Preparación para la Prueba de Conocimientos Constitucionales y Socioculturales de España (prueba CCSE).
El Departamento de Orientación es el órgano especializado que apoya la labor del centro y del conjunto del profesorado en todas aquellas actuaciones encaminadas a asegurar una formación integral del alumnado y a la adaptación de los procesos de enseñanza a las características y necesidades de todos los alumnos y alumnas.